Die Geschichte spielt in Tokio im Jahre 2039. Als der unbekannte Virus "Apocalypse" 2029 ausbricht, gerät Japan unter die Kontrolle einer Organisation namens GHQ. Ouma Shu ist ein 17-jähriger Junge, dem durch ein Missgeschick übernatürliche Kräfte verliehen werden. Er kann diese Macht benutzen, um Werkzeuge oder Waffen aus seinen Freunden zu extrahieren. In seiner Vergangenheit hat er es stets vermieden, seinen Mitmenschen Ärger zu bereiten, jedoch ändert sich sein Leben schlagartig, als er die Sängerin Yuzuriha Inori trifft. Sie ist ein Mitglied der Widerstandsgruppe "Undertaker", in der Piloten in Kampfmechas gegen die Regierung kämpfen.