Nach der Befreiung Romagnas scheint sich die Front beruhigt zu haben. Die Witches des Vereinigten Jagdgeschwaders 501 haben sich in alle Windrichtungen verstreut. Miyafuji Yoshika ist zur Fliegeroffizierin befördert worden und ist in ihre Heimat Fusou zurückgekehrt. Ihr Leben verläuft normal, bis die Witch Shizuka erscheint und Yoshika einlädt, auf einer hohen medizinischen Universität in Europa zu studieren. Währenddessen tauchen erneut Neuroi an den verschiedensten Ländergrenzen auf. Kaum in Europa angekommen, muss sich Miyafuji erneut im Kampf beweisen, an der Seite ihrer Freundinnen, den Strike Witches.