Die OVA beginnt mit einer Rückblende, die den Verrat von Apollonius zeigt und die Umstände seines damaligen Todes. Der Engel Touma, der vorher ein enger Vertrauter von Apollonius war, konnte nicht ertragen, dass dieser ihn betrogen hat, und bringt den menschlichen Prinzen Scorpius dazu, Apollonius zu töten, indem er ihm die Macht von Flügeln verspricht.
Zurück in der Gegenwart erholen sich beide Seiten von dem Kampf, in dem Silvias Bruder Sirius getötet wurde. Die Engel haben jedoch bereits wieder begonnen, den Menschen die Lebenskraft zu stehlen, da sie diese für den Baum des Lebens brauchen.
Im Hauptquartier von Deava sind alle, die beim Angriff ins Koma gefallen waren, wieder bei Kräften und langsam kehrt die Normalität zurück. Silvia jedoch macht eine harte Zeit durch und versucht über den Verlust ihres Bruders hinwegzukommen.
Im Kampf gegen Touma stürzen Reika und Silvia mit ihren Vektoren ab und versuchen, gemeinsam zur Basis zurückzukehren. Unterwegs werden sie von einem Jungen angegriffen und gefangen genommen. Er stellt sich ihnen als Apollo vor und beschuldigt sie, den Wald und seine Tiere durch ihre Kämpfe mit den Schattenengeln zerstört und getötet zu haben. Als Touma die drei dann erneut angreift, erwacht Apollo als Apollonius und der ursprüngliche Aquarion erscheint…

Quelle: aniSearch.de