Ganta lebt ein relativ idyllisches Leben in einer Stadt nahe Tokyo als ganz gewöhnlicher, vielleicht etwas schüchterner Schüler einer Mittelschule. Doch eines Tages geschieht etwas Unfassbares: Ein Deadman fliegt durch ein Klassenzimmerfenster und massakriert seine Mitschüler. Ganta wird als einziger ܜberlebender sofort ins Kreuzfeuer der Anklage genommen und des Mordes an seinen Freunden bezichtigt.

Die Story über den Deadman will ihm natürlich keiner glauben und so wird er vor Gericht zum Tode verurteilt und ins sogenannte Deadman Wonderland verbannt. Diese Anstalt ist für die Besucher ein Freizeitpark und für die Insassen ein Gefängnis. Es ist das Gefängnis für all jene, die zum Tode verurteilt sind.

Ganta, der mehr Feigling als Held ist, macht sich unter den anderen Häftlingen schneller mehr Feinde als Freunde. Doch dann tritt Shiro in sein Leben.

Shiro steht eines Tages plötzlich vor dem traurigen Ganta und erklärt ihn kurzerhand zu ihrem besten Freund. Sie hat lange, weiße Haare, trägt einen weiߟen, sehr eng anliegenden Bodysuit und Boxhandschuhe über ihren Händen. Gemeinsam versuchen sie nun herauszufinden, wer seine Mitschüler wirklich umgebracht hat. Denn im Deadman Wonderland gibt es mehr als nur einen mordlustigen Deadman.