Im Laufe des 21. Jahrhunderts wurde plötzlich bei einigen Menschen die übernatürliche Kraft "Magicka" entdeckt, welche es ermöglicht, allein durch die Vorstellungskraft Dinge zu materialisieren. Kurz darauf kam es zu einem blutigen Weltkrieg zwischen den Menschen, die über diese Kraft verfügten, und der restlichen Weltbevölkerung. Die mit der Kraft Gesegneten konnten den Krieg für sich entscheiden und starteten anschließend ein weltweites Terrorregime.

Die Geschichte von Shinsekai Yori setzt rund 1000 Jahre danach ein. Die Menschheit lebt mittlerweile zerstreut in kleinen Dorfgemeinschaften und verwendet Magicka als Hauptenergiequelle, da ihnen keine fortgeschrittene Technologie mehr zur Verfügung steht. Eines Tages findet das Mädchen Saki zusammen mit ihren Freunden außerhalb ihres Dorfes einen Archivroboter, durch den sie von der blutigen Vergangenheit ihres Volkes erfahren. Dieses verbotene Wissen führt dazu, dass die Kinder verstoßen und ihrer Kräfte beraubt werden. Nun sind sie in einem Wald auf sich allein gestellt und werden in einen Krieg zwischen mutierten, zweibeinigen Ratten und anderen Kreaturen hineingezogen.